细菌总数是指水样在营养琼脂培养基中，于37℃经24h培养后，所生长的细菌菌落的总数。水中通常存在的细菌大致可分为三类：
01、天然水中存在的细菌。普通的是荧光假单孢杆菌、绿脓杆菌，一般认为这类细菌对健康人体是非致病的。
02、土壤细菌。当洪水时期或大雨后地表水中较多。它们在水中生存的时间不长，在水处理过程中容易被去除。腐蚀水管的铁细菌和硫细菌也属此类。
03、肠道细菌。它们生存在温血动物的肠道中，故粪便中大量存在。水体中发现这类细菌，可以认为已受到粪便的污染。致病性肠道细菌有沙门氏杆菌(伤寒和副伤寒菌)、B型炭疽菌、痢疾志贺氏菌和霍乱弧菌等。
菌落总数就是指在一定条件下(如需氧情况、营养条件、pH、培养温度和时间等)每克(每毫升)检样所生长出来的细菌菌落总数。按国家标准方法规定，即在需氧情况下，37℃培养48h，能在普通营养琼脂平板上生长的细菌菌落总数，所以厌氧或微需氧菌、有特殊营养要求的以及非嗜中温的细菌，由于现有条件不能满足其生理需求，故难以繁殖生长。因此菌落总数并不表示实际中的所有细菌总数，菌落总数并不能区分其中细菌的种类，所以有时被称为杂菌数，需氧菌数等。菌落总数测定是用来判定食品被细菌污染的程度及卫生质量，它反映食品在生产过程中是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。菌落总数的多少在一定程度上标志着食品卫生质量的优劣。
菌落总数危害
食品的菌落总数严重超标，说明其产品的卫生状况达不到基本的卫生要求，将会破坏食品的营养成分，加速食品的腐败变质，使食品失去食用价值。消费者食用微生物超标严重的食品，很容易患痢疾等肠道疾病，可能引起呕吐、腹泻等症状，危害人体健康安全。
但需要强调的是，菌落总数和致病菌有本质区别，菌落总数包括致病菌和有益菌，对人体有损害的主要是其中的致病菌，这些病菌会破坏肠道里正常的菌落环境，一部分可能在肠道被杀灭，一部分会留在身体里引起腹泻、损伤肝脏等身体器官，而有益菌包括酸奶中常被提起的乳酸菌等。但菌落总数超标也意味着致病菌超标的机会增大，增加危害人体健康的几率。细菌总数与菌落总数从以下几个方面进行区分：
01、概念不同：菌落总数指的是在一定的条件下，经过一段的时间孙衫培养，所形成的能够被肉眼看到的菌落个数。细菌总数是指ml水样在营养琼脂培养基中，于37℃经24h培养后，所生长的细菌菌落的总数。
02、性质不同：并不是首丛所有的细菌都能长出菌落，而且两个距离很近并且相同的细菌也只能形成一个菌落。
03、种类不同：细菌分为异养细菌和自养细菌。菌落总数包括致病菌和有益菌。
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